قرر النّبي صلى الله عليه وسلم إرسال جيشًا من المسلمين إلى معركة مؤتة لقتال الرومان في السنة الثامنة من الهجرة، ووضع زيد بن حارث رضي الله تعالى عنه على رأس الجيش وأمره بحمل راية المسلمين من بعده إذا قُتل جعفر بن أبي طالب في المعركة، وإذا قتل جعفر بن أبي طالب تكون راية المسلمين لعبد الله بن رواحة.
ولما اشتد القتال وقُتل زيد بن حارث تسلم من بعده الراية جعفر بن أبي طالب فقاتل ممسكها يمينًا فقطعت يده، ثُمّ حملها بيده اليُسرى فقطعت، فعانقها بيديه حتى استشهد رضي الله تعالى عنه عن عمر يناهز 41 عامًا، ووجدوا بجسده بعد استشهاده ما بين تسعين ضربة برمح وطعنة بالسيف.
ولما علم رسول الله صلى الله عليه وسلم باستشهاد جعفر بن أبي طالب رضي الله تعالى عنه حزن حزنًا شديدًا، فجاءه جبريل عليه السلام يبشره بأنّ لجعفر بن أبي طالب له جناحان مغطيان بدماء يطير بهما مع الملائكة، فقال رسول الله صلى الله عليه وسلم: “استغفروا لأخيكم فإنه شهيد، دخل الجنة وهو يطير في الجنة بجناحين من ياقوت حيث يشاء في الجنة” فلقب بجعفر الطيار، ودفن جعفر بن أبي طالب في منطقة مؤتة بالشام، وله مقام ببلدة المزار الجنوبي بالأردن”.