عندما ترك مالكولم إكس أمة الإسلام ليصبح مسلمًا سنيًا في مارس 1964، أدانه قادة أمة الإسلام بشدة، وفي ديسمبر 1964 ، كتب فرخان في نشرة “”NOI، محمد يتحدث: “الموت قد تم تعيينه، ولن يهرب مالكولم، خاصة بعد هذا الحديث الغبي الشرير عن فاعل الخير إيليا محمد. … رجل مثل مالكولم يستحق الموت وكان سيواجه الموت لولا ثقة محمد بالله في الانتصار على الأعداء “.
وبعد شهرين، اغتال أعضاء أمة الإسلام مالكولم إكس، ليبقى دور قيادة أمة الإسلام إن وجد، في التخطيط لعمليات القتل غير محدد، ومع ذلك، فإن اللهجة العنيفة التي أدان بها فرخان وزعماء آخرون في أمة الإسلام مالكولم إكس ربما شجعت قتله على قتله.
بعد ثلاثة أشهر من وفاة مالكولم إكس، أصبح فرخان وزير المعبد رقم 7 في نيويورك عام 1967 ، أصبح “المتحدث الوطني” لـ NOIL ، بدأ تاريخ فرخان في معاداة السامية العامة خلال فترة عمله كمتحدث رسمي في أبريل 1972، ادعى أن اليهود “يسيطرون على وسائل الإعلام”، وبحلول يونيو من عام 1974 ، ظهر 70.000 شخص في نيويورك لسماعه يتحدث.
عندما توفي إيليا محمد في 25 فبراير 1975، خلفه ابنه واريث محمد كزعيم لأمة الإسلام كان واريث أقل شعبية بشكل ملحوظ وأقل موهبة في الخطاب من فرخان، فأصبح قلقًا من احتمال أن يطغى عليه فرخان، نقله واريث إلى شيكاغو وجعله مسؤولًا عن معبد غير واعد يقع في قسم فقير على الجانب الغربي من المدينة.
كما عمل واريث على جعل أمة الإسلام أكثر انتشارًا وبدأ في السماح للأفراد غير السود بأن يصبحوا أعضاء، زفي نوفمبر 1976، قام بتغيير اسم المجموعة إلى “المجتمع العالمي للإسلام في الغرب”، ومن أثار التحول عن المبادئ الانفصالية السوداء غضب العديد من أعضاء أمة الإسلام، بما في ذلك فرخان.
واعتقد فرخان أن واريث كان يتخلى عن المبادئ التي وضعها إيليا محمد في أمة الإسلام لعدم الرغبة في استفزاز واريث أو اتهامه بتقسيم الحركة، حافظ فرخان على مستوى منخفض نسبيًا بينما كان يكافح لقبول التعاليم المعدلة لمجموعة واريث الجديدة.
ثم في 8 نوفمبر 1977، أعلن فرخان أنه سيعيد تأسيس أمة الإسلام بما يتماشى مع مبادئ إيليا محمد، حيث نمت مجموعته بسرعة كبيرة، وتعرف المجموعة حاليا تحت اسمها الأصلي بقيادة لويس فراخان محمد، الذي انفصل عن المنظمة الأم في عام 1977 بعد تغيير اسمها إلى بلاليون بقيادة فاريت الدين محمد بن إيليا محمد ثم لويس فراخان محمد، وفي عام 1981، اجتذب فرخان آلاف الأشخاص إلى أول خطاب سنوي له في يوم المنقذين.