ولد ابن النفيس في دمشق عام 607هـ ، كان من قبيلة قريش من بني مخزوم من الخوالد وأصله من بلده تدعى قريشية قرب دمشق ولذلك فهو يلقب بالقرشي ، تعلم ابن النفيس في مدارس ومجالس العلماء في دمشق ثم تعلم في البيمارستان النوري بدمشق .
درس ابن النفس الطب وتتلمذ على يد مؤرخ الطب المشهور ابن أصيبعة صاحب كتاب عيون الأنباء في طبقات الأطباء ، ثم درس الفقة الشافعي ، ودرس اللغة والمنطق والأدب ، ودرس أيضا الفلسفة واهتم بإعمال العقل في تفسير كل شئ حتى تفسير نصوص القرآن والحديث والوحي .
انتقل ابن النفيس من دمشق إلى القاهرة بين عامي 633هـ و 636هـ ، وعمل في المستشفى الناصري التي أنشأها السلطان قلاوون ثم عين رئيسا للأطباء ، حتى أصبح الطبيب الخاص للسلطان الظاهر بيبرس ، لم يهتم ابن النفيس فقد بالطب بل كان له مجلسا في داره يحضره الوجهاء والأطباء حتى أصبح من كبار علماء عصره في اللغة والفلسفة والفقة والحديث .