يمكن أن تكون فرصة اصابة الأطفال المولودين نتيجة التلقيح الصناعي بالعيوب الخلقية أعلى قليلاً (حوالي 1-2٪). لكن وفقاً لسوزان هدسون، أخصائية الغدد الصماء الإنجابية في مركز تكساس للخصوبة، في نيو برونفيلز، ربما تكون العيوب الخلقية مرتبطة بطبيعة عقم الأم وليس بسبب التلقيح الصناعي. في الواقع، فقد يكون الخلل، على سبيل المثال، نتيجة لكبر سن الام.