تم زيادة عدد الكليات وكذلك التخصصات داخل الجامعة وذلك بعد إصدار مرسوم ملكي من جانب الملك خالد بن عبد العزيز في عام 1401 هجرياً، حيث افتتح العديد من الكليات الفرعية باعتبارها امتداداً لأقسام الكليتين الأساسيتين وهما كلية الشريعة والدراسات الإسلامية وكلية التربية وعدد من الكليات الأخرى هي كما يلي: