يؤدي القاء المخلفات الكيميائية في الأنظمة المائية إلى تدهور العديد منها ، حيث انها غير قابلة للتحليل الحيوي ، وبالتالي فإنها تتجمع في النظام المائي ، مما يخلق بالاتزان ويهدد النظام البيئي.
ويوجد بعض البحيرات ، والبحار التي أصبحت معطلة نتيجة لتجمع بعض المواد الكيميائية فيها ، مثل اللدائن ، والمخلفات الصناعية التي تلقى بها المصانع في هذه المجاري المائية ، والبوتاسيوم والفوسفات اللذين يحتوي عليهم الصابون ، والمنظفات الصناعية.