بالرغم من أن لفحم مصدر رخيص للطاقة إلا أنه له مخاطر كبيرة على البيئة، ومع ذلك فقد يكون من الصعب في بعض المناطق الانتقال من الفحم كمصدر رئيسي لتوليد الطاقة للمصادر الأخرى النظيفة للطاقة بسبب فرق التكلفة، ومن مخاطر استخدام الفحم الحجري:
تلوث الهواء: عنما يحترق الفحم يطلق غازات وسموم تنتقل عبر الهواء مثل الزئبق والرصاص وبعض المعادن الثقيلة الأخرى، وذلك ترتبط محطات الطاقة التي تعمل بالفحم بانتشار مجموعة من الأمراض في المناطق المحيطة مثل الربو وأمراض القلب والرئة وصعوبة التنفس.
تلوث البحيرات والأنهار: تنتج محطات الطاقة التي تعمل بالفحم جوالي 100 مليون طن من الرماد سنويًا، ويتم التخلص من تلك النفايات بالإلقاء في مياه البحار والبحيرات والأنهار، وهذا يسبب تلوث تلك المجاري المائية.
تغير المناخ والاحتباس الحراري: يعد هذا التأثير من أخطر التأثيرات طويلة الأمد لاستخدام الفحم كمصدر للطاقة، لأن الكربون عند حرقه يتفاعل مع الأكسجين الموجود في الهواء، وهذا ينتج غاز ثاني أكسيد الكربون الذي يحبس الحرارة.